Biodiversity Exploratories Information System

general

id 5600
versionID 1.2.28
title 16S rRNA gene (V2-V3 region) based analysis of soil procaryotic community composition, Alb VIPs 2008
owners
owner1 Heiko Nacke
owner2 Rolf Daniel
projectName Soilomics
datasetManager
datasetManagerName Rolf Daniel
institute University of Göttingen
email rdaniel@gwdg.de

researchObjects

approxNumberOfPlots
noOfGP 15
noOfEP 15
noOfMIP 15
noOfVIP 15
habitats
grassland yes
forest yes
experimentalManipulation no
relativePositionToGround
aboveGround no
belowGround yes
repeatedMeasurement
timeBasedRepetition
numberOfRepetitions 0
plotBasedRepetition
numberOfSubPlots 0
taxa
taxon1 Microbes
processesAndServices
processOrService1 Other
environmentalDescriptors
environmentalDescriptor1 Other
bioticDataTypes
bioticDataType1 Multiple Species
bioticDataType2 Abundances

methodology

introduction In this data file 16S rRNA gene based analysis of forest and grassland soil procaryotic community composition "Schwaebische Alb" is stored.
measurements
theory 454 pyrosequencing of a partial sequence, V2-V3 region, of the 16S rRNA gene. Starting material was isolated DNA from forest and grassland soil samples (A horizon) of all VIP plots (Schwaebische Alb). Soil samples were collected within the joint soil sampling campaign 2008.
type none
equipment
instruments Roche 454
calibration none
procedures none

description

acronyms
acronymPair1
acronym1
meaning1
keywords
keyword1 16S rRNA gene analysis

time

when
format yyyy-MM-dd
startDate 2008-04-01
endDate 2008-05-31
dateEntry 2009-09-08
dateLastModified 2016-04-22

data

fileType structuredData
manipulations none
errors none
qualityLevel raw
dataStatus complete
dataStructure
dataFormat
missingValues
NA
matrix
columnName
rowName
contentType
matrixUnit
variables
name typeOfVariable units description block
1 Plotid character(16) none The plotid1 0
2 Acidobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Acidobacteria klassifiziert wurden 0
3 Actinobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Actinobacteria klassifiziert wurden 0
4 Chloroflexi integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Chloroflexi klassifiziert wurden 0
5 TM7 integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als TM7 klassifiziert wurden 0
6 WS3 integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als WS3 klassifiziert wurden 0
7 Firmicutes integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Firmicutes klassifiziert wurden 0
8 Cyanobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Cyanobacteria klassifiziert wurden 0
9 Bacteroidetes integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Bacteroidetes klassifiziert wurden 0
10 unclassified_Bacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als unclassified Bacteria klassifiziert wurden 0
11 Verrucomicrobia integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Verrucomicrobia klassifiziert wurden 0
12 Spirochaetes integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Spirochaetes klassifiziert wurden 0
13 Gemmatimonadetes integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Gemmatimonadetes klassifiziert wurden 0
14 Fibrobacteres integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Fibrobacteres klassifiziert wurden 0
15 Planctomycetes integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Planctomycetes klassifiziert wurden 0
16 Fusobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Fusobacteria klassifiziert wurden 0
17 Deinococcus_Thermus integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Deinococcus-Thermus klassifiziert wurden 0
18 OP11 integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als OP11 klassifiziert wurden 0
19 Gammaproteobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Gammaproteobacteria klassifiziert wurden 0
20 Deltaproteobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Deltaproteobacteria klassifiziert wurden 0
21 Betaproteobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Betaproteobacteria klassifiziert wurden 0
22 Alphaproteobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als Alphaproteobacteria klassifiziert wurden 0
23 unclassified_Proteobacteria integerNumber none Anzahl erhaltener Sequenzen die als unclassified Proteobacteria klassifiziert wurden 0
24 Sequenzen_gesamt integerNumber none 0

references

database
papers
paper1 Nacke H, Thürmer A, Wollherr A, Will C, Hodac L, Herold N, Schöning I, Schrumpf M, Daniel R (2011). Pyrosequencing-Based Assessment of Bacterial Community Structure Along Different Management Types in German Forest and Grassland Soils. PLoS ONE 6: e17000.
paper2 Pallmann P, Schaarschmidt F, Hothorn LA, Fischer C, Nacke H, Priesnitz KU, Schork NJ (2012). Assessing group differences in biodiversity by simultaneously testing a user-defined selection of diversity indices. Molecular Ecology Resources 12: 1068-1078.
paper3 Birkhofer K, Schöning I, Alt F, Herold N, Klarner B, Maraun M, Marhan S, Oelmann Y, Wubet T, Yurkov A, Begerow D, Berner D, Buscot F, Daniel R, Dietkötter T, Ehnes RB, Erdmann G, Fischer C, Foesel B, Groh J, Gutknecht J, Kandeler E, Lang C, Lohaus G, Meyer A, Nacke H et al. (2012). General relationships between abiotic soil properties and soil biota across spatial scales and different land-use types. PLoS ONE 7: e43292.
relatedDatasets
dataset1
citation Nacke, Heiko; Rolf Daniel (2016): 16S rRNA gene (V2-V3 region) based analysis of soil procaryotic community composition, Alb VIPs 2008. v1.2.28. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/PublicData/PublicData.aspx?DatasetId=5600

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